食品の安全性確保を目的として、食品製造工程における微生物および化学物質の制御、規格基準その他の食品等の衛生管理に関する調査・研究を行っています。

また、食品中の病原微生物による疾患の疫学、リスク評価、食中毒に関連する細菌およびウイルスの試験・検査ならびにこれらに必要な研究を行っています。

さらに、魚貝毒の制御および検出法に関する情報の収集、調査・研究を行うとともに検査法の精度管理を行っています。

食品衛生管理部は国立感染症研究所、食品衛生微生物部（旧　国立予防衛生研究所、食品衛生部（元食品防疫部））の一部と旧　国立公衆衛生院（現　国立保健医療科学院）、衛生獣医学部が統合し、２００２年４月１日に誕生しました。（３室体制で発足）

２００７年１月１日、第四室を新設しました。