生化学部は，分子生物学・免疫学・分析化学を基盤としてゲノム編集技術等のバイオテクノロジー技術（組換えDNA技術）を応用した新開発食品，医薬品，化粧品・医薬部外品等に含まれる物質の，免疫毒性やアレルゲン性など安全性に関わる生化学的試験・研究を行っている．また，放射線の安全管理，業務関連物質に含まれる放射性核種の分析法開発や安全性に関わる試験・研究を実施している．これらの研究業務は，研究所内各部および外部研究機関と協力しながら行っている．研究を通じて得られた科学的知見を活用して，厚生労働省，消費者庁，食品安全委員会等と連携して必要な行政支援活動等を行っている．