（食品安全情報2018年20号（2018/09/26）収載）
公衆衛生および食品安全関連の検査機関では、全ゲノムシークエンシング（WGS）法の実施が徐々に普及しつつある。現時点では、国や分野により、検査機関のWGS法実施率、採用されているデータ分析法およびデータ解釈には大きなばらつきがある。
欧州連合（EU）および欧州自由貿易連合（EFTA）加盟各国の食品安全・獣医学検査機関におけるWGS解析の能力に関する情報を収集するため、欧州委員会健康・食品安全総局（EC DG-SANTE）および欧州食品安全機関（EFSA）は、EUリファレンス検査機関（EURLs）の支援を受け、7つのEU/EFTAネットワーク（サルモネラ、リステリア（Listeria monocytogenes）、ベロ毒素産生性大腸菌（VTEC）、カンピロバクター、コアグラーゼ陽性ブドウ球菌、抗菌剤耐性、二枚貝軟体動物の細菌・ウイルス汚染）のそれぞれを構成する各国検査機関を対象としたアンケート調査を立案した。質問項目は、WGS法の実施、対象の病原体、分析の目的、使用するデータ処理システムおよびツール、データの保存・分析の場所、WGS法を用いた研究プロジェクト、支援の必要性、およびWGS法の将来的な実施への関心などであった。
2016年末時点で、EU/EFTA 加盟30カ国中17カ国の検査機関でWGS法が使用されていた。具体的には、調査に参加したすべてのEURLsにおいて、また各国リファレンス検査機関（NRL）のほぼ半数（44%）および公的検査機関（OL）の一部（7%）においてWGS法が使用されていた。WGS法を実施しない主な理由は実施能力（予算、専門知識）の欠如であった。WGS法の使用目的は、主としてアウトブレイク調査およびサーベイランスで、分析対象の病原体は主にリステリア（L. monocytogenes）、大腸菌およびサルモネラであった。シークエンシング、配列データの保存および分析は、主に検査機関内で行われていた。様々な微生物および分析目的のために、いくつかの種類のデータ処理システム、シークエンサー、ソフトウェアが使用されていた。調査に参加した検査機関は、全体的に、EURLsおよび欧州域内のその他の機関との協力に前向きな意向を示した。本報告書は、欧州の食品安全検査機関におけるWGS法の使用に関して2016年末時点の詳細な状況を示したものである。
（関連ニュース記事）
食品安全における全ゲノムシークエンシング（WGS）の現状
Whole genome sequencing in food safety: the state of play
http://www.efsa.europa.eu/en/press/news/180629