当研究所の実験動物施設は、化学物質、食品、医薬品などの業務関連物質に関する品質・安全性・有効性を評価するための試験・研究に対応した施設として、第三者認証を取得しています。飼育室はバリアーシステムにより衛生管理が徹底されており、加えて以下の専用施設を併設しています：
•吸入ばく露実験動物室
•ケミカルセイフティー動物室
•バイオセイフティー動物室
動物実験の実施および実験動物の飼育管理にあたっては、動物愛護の理念を尊重し、「動物の保護および管理に関する法律」や「実験動物の飼育および保管に関する基準」など、関連法令・指針の趣旨に則った「国立医薬品食品衛生研究所動物実験等の適正な実施に関する規程」に基づいて運営されています。これらの活動は、当所の実験動物管理協議会および動物実験委員会の助言のもと、厳正かつ適切に行われています。

国立医薬品食品衛生研究所では、毎年「動物愛護週間」にあわせて、実験動物への感謝と敬意を込めた慰霊祭を執り行っております。
私たちは、化学物質、食品、医薬品などの業務関連物質の品質・有効性・安全性を科学的に評価するために、各種試験・調査・研究を実施しています。その過程において、実験動物は欠かすことのできない存在であり、その尊い命の上に私たちのレギュラトリーサイエンスの実践と政策支援活動が成り立っていることを、研究所職員一同深く認識しております。慰霊祭では、静かな祈りとともに、実験動物への感謝と敬意を捧げています。
なお、安全性生物試験研究センターの設置に伴い、昭和53年に用賀庁舎8号館竣工時に建立された慰霊碑は、殿町庁舎への移転の際に破損いたしました。これを受け、令和5年9月に新たな慰霊碑を建立し、今後も実験動物への追悼と感謝の場を大切に守り続けてまいります。