衛生微生物部は、従来の３室体制から平成１４年度に１室加わり４室構成となりました。これは、国立感染研および旧国立公衆衛生院（現国立保健医療科学院）との組織再編によるものであります。
当部では私たちが生活するうえで必要とする医薬品・医療用具・化粧品・食品・家庭用品・室内環境などを対象として微生物汚染、細菌性食中毒および微生物産生毒素などによる健康被害を防止するための基礎・応用研究を行っています。
微生物が医薬品や医療用具を汚染することにより、発熱や感染など発症することがあります。サルモネラや病原性大腸菌などの食中毒細菌は、食品を汚染することによって食中毒を引き起こす原因にもなります。また、食品などを汚染する真菌にはマイコトキシンを産生する種があり、例えば発癌性や神経障害性を示すことが知られています。
こうした微生物による健康被害を防止するために、有害微生物や微生物産生毒素に関する基礎研究や迅速検出、除去および制御に関する開発・応用研究、さらに行政を支援する業務を行っております。